Dicho Instituto estará integrado por tres comisionados los cuales durarán en su encargo por única ocasión y de manera escalonada: 4, 5 y 6 años, sin posibilidad de reelección, siendo designados por mayoría calificada del Pleno del Congreso del Estado y sólo podrán ser removidos de su cargo en los términos de la Constitución Política, siendo sujetos de juicio político. Además, en su conformación se procurará la equidad de género.

Para tener un órgano garante autónomo, especializado, colegiado e imparcial, se avaló que los Comisionados que actualmente conforman la CAIP, podrán participar en el procedimiento de selección para la integración del nuevo Instituto, teniendo la oportunidad de evaluarse nuevamente y volver a demostrar sus conocimientos en la materia. 

Cabe señalar que se invitará a la sociedad civil organizada especializada en transparencia y acceso a la información, para que participen en el proceso de evaluación de las (los) candidatos, siendo las y los legisladores los facultados para la selección y votación de los mismos.

La renovación total de las y los comisionados se sustenta en lo realizado en el Senado de la República, cuando se transformó el IFAI al INAI EN 2014, así quedó plasmado en la reforma Federal a la Constitución en su artículo 3º transitorio, publicado en el Diario Oficial de la Federación, aunque en aquella ocasión no se dio oportunidad a los entonces comisionados de participar en el proceso de renovación, como sí se hará en Puebla.

La actual Comisión para el Acceso a la Información Pública y Protección de Datos Personales del Estado desempeñará sus funciones hasta el cinco de enero de 2017, dando paso al nuevo Instituto de Transparencia a partir del seis de enero de 2017.